Krajowy System e-Faktur miał uporządkować obieg dokumentów, przyspieszyć księgowanie i ograniczyć ręczne przepisywanie danych. Po pierwszych miesiącach obowiązkowego funkcjonowania systemu widać jednak, że samo uruchomienie KSeF nie rozwiązuje automatycznie wszystkich problemów związanych z fakturowaniem.

Największym wyzwaniem często nie jest sama technologia, lecz właściwe zorganizowanie procesów w firmie: ustalenie, kto wystawia faktury, kto je odbiera, kto sprawdza ich poprawność, kto zatwierdza płatności oraz w jaki sposób dokumenty trafiają do biura rachunkowego.

Badanie przeprowadzone przez firmę Symfonia wspólnie ze Stowarzyszeniem Księgowych w Polsce wśród 452 praktyków finansowo-księgowych pokazuje, że ocena KSeF po pierwszych tygodniach funkcjonowania była umiarkowana. Przygotowanie organizacji do wdrożenia oceniono średnio na 3,9 w pięciostopniowej skali, pierwsze tygodnie pracy z systemem na 3,2, a późniejszą ocenę działania KSeF na 3,4.

KSeF działa, ale firmy nadal uczą się nowych zasad.

KSeF nie jest jedynie nowym programem do wystawiania faktur. To zmiana całego modelu obiegu dokumentów.

W tradycyjnym systemie faktura była zazwyczaj:

• wystawiana w programie przedsiębiorcy
• zapisywana w PDF
• przesyłana kontrahentowi pocztą elektroniczną
• przekazywana do biura rachunkowego
• ręcznie wprowadzana lub importowana do programu księgowego.

W KSeF faktura funkcjonuje przede wszystkim jako zestaw ustrukturyzowanych danych zapisanych w pliku XML. System służy do wystawiania, przesyłania, odbierania i przechowywania faktur ustrukturyzowanych.

Zmiana ta stwarza duże możliwości automatyzacji, ale wymaga jednocześnie uporządkowania odpowiedzialności po stronie przedsiębiorcy i biura rachunkowego.

Problem 1. Niejasny podział obowiązków między przedsiębiorcą a biurem rachunkowym

Jednym z najczęstszych nieporozumień jest założenie, że po wdrożeniu KSeF biuro rachunkowe będzie automatycznie odpowiadać za całość procesu fakturowania.

Tymczasem samo prowadzenie księgowości nie oznacza jeszcze, że biuro:

• wystawia faktury sprzedażowe w imieniu klienta
• kontroluje każdą fakturę wpływającą do KSeF
• zatwierdza zasadność zakupu
• sprawdza wykonanie usługi lub dostawę towaru
• odpowiada za terminy płatności
• weryfikuje rachunki bankowe kontrahentów
• identyfikuje każdą fakturę omyłkową albo fikcyjną.

Zakres odpowiedzialności powinien wynikać z umowy zawartej z biurem rachunkowym oraz z nadanych uprawnień.

Przedsiębiorca nadal odpowiada za merytoryczną stronę transakcji. To on wie, czy towar został rzeczywiście dostarczony, czy usługa została wykonana, czy kwota jest zgodna z umową i czy faktura dotyczy działalności gospodarczej.

Biuro rachunkowe może natomiast odpowiadać za formalną i podatkową weryfikację dokumentu, jego ujęcie w księgach oraz prawidłowe rozliczenie – w zakresie uzgodnionym z klientem.

Co warto zrobić?

Najlepszym rozwiązaniem jest stworzenie krótkiej procedury określającej:

1. kto wystawia faktury sprzedażowe
2. kto odbiera faktury zakupowe
3. kto zatwierdza dokumenty merytorycznie
4. kto kontroluje płatności
5. w jakim terminie klient przekazuje biuru dodatkowe informacje
6. jak postępować z fakturami błędnymi, spornymi albo nieznanymi.

Problem 2. Nieprawidłowo nadane uprawnienia.

KSeF opiera się na systemie uprawnień. Sam fakt, że biuro rachunkowe prowadzi księgowość przedsiębiorcy, nie daje mu automatycznie dostępu do jego faktur.

Należy prawidłowo ustalić:

• kto posiada uprawnienia właścicielskie,
• kto może wystawiać faktury,
• kto może przeglądać i pobierać faktury,
• kto może nadawać dalsze uprawnienia,
• czy dostęp został nadany konkretnej osobie, czy podmiotowi, np. biuru rachunkowemu.

W przypadku spółek posiadających NIP, ale niemających możliwości bezpośredniego uwierzytelnienia się pieczęcią kwalifikowaną, konieczne może być wcześniejsze zgłoszenie osoby uprawnionej. Od 1 lutego 2026 r. zastosowanie znajduje formularz ZAW-FA w wersji 3. Na jego podstawie uprawnienie do wystawiania faktur jest nadawane automatycznie osobie wskazanej w zawiadomieniu.

Błędy w uprawnieniach mogą prowadzić do sytuacji, w której:

• przedsiębiorca nie ma dostępu do własnych faktur
• pracownik może wystawiać faktury, ale nie może ich przeglądać
• biuro rachunkowe widzi dokumenty, ale nie może ich pobrać do swojego systemu
• osoba, która opuściła firmę, nadal ma dostęp do KSeF
• nowy księgowy nie posiada uprawnień koniecznych do wykonywania obowiązków.

Co warto zrobić?

Uprawnienia należy okresowo przeglądać, szczególnie po:

• zmianie biura rachunkowego
• zmianie zarządu
• zatrudnieniu lub zwolnieniu pracownika
• zmianie osoby odpowiedzialnej za fakturowanie
• zmianie programu księgowego
• reorganizacji firmy.

Dostęp do KSeF nie powinien być nadawany „na wszelki wypadek”. Każda osoba powinna mieć wyłącznie taki zakres uprawnień, jaki jest jej rzeczywiście potrzebny.

Problem 3. Faktury trafiają do KSeF bez akceptacji merytorycznej

KSeF umożliwia szybki dostęp do faktur, ale nie sprawdza, czy dana transakcja rzeczywiście miała miejsce.

Faktura widoczna w KSeF nie jest automatycznie dokumentem, który należy:

• zaksięgować
• odliczyć w VAT
• zaliczyć do kosztów podatkowych
• opłacić.

Wystawca, który zna NIP nabywcy, może przesłać fakturę do systemu. Samo zarejestrowanie dokumentu w KSeF nie stanowi potwierdzenia wykonania usługi ani dostawy towaru. KSeF nie zastępuje zatem należytej staranności przy weryfikacji kontrahentów i dokumentów.

W praktyce przedsiębiorca może zobaczyć w systemie:

• fakturę wystawioną na błędny NIP
• dokument dotyczący niezamówionej usługi
• fakturę wystawioną omyłkowo
• dokument dotyczący innego podmiotu
• próbę wyłudzenia płatności
• fakturę wystawioną przez nieznanego kontrahenta.

Co warto zrobić?

Każda faktura kosztowa powinna przejść co najmniej trzy poziomy weryfikacji:

Weryfikację merytoryczną – czy zakup rzeczywiście miał miejsce i pozostaje związany z działalnością firmy.
Weryfikację formalną – czy dane nabywcy, sprzedawcy, daty, kwoty oraz stawki VAT są prawidłowe.
Weryfikację płatniczą – czy numer rachunku oraz dane odbiorcy przelewu są zgodne z ustaleniami i wymaganiami dotyczącymi białej listy podatników VAT.

Problem 4. Brak dodatkowych informacji potrzebnych do zaksięgowania faktury.

Faktura ustrukturyzowana zawiera wiele danych, ale nadal nie odpowiada na wszystkie pytania księgowego.

Z samej faktury często nie wynika:

• jaki był cel zakupu
• kto korzystał z nabytej usługi
• czy zakup dotyczy działalności gospodarczej
• czy wydatek ma charakter reprezentacyjny lub osobisty
• czy towar został przekazany pracownikowi
• czy zakup powinien zostać ujęty jako środek trwały
• czy faktura została już zapłacona
• jakiego projektu lub zlecenia dotyczy wydatek
• czy przedsiębiorca kwestionuje całość lub część dokumentu.

Dlatego KSeF nie eliminuje komunikacji pomiędzy przedsiębiorcą a księgowym. Zmienia jedynie jej charakter.

Dotychczas klient przekazywał fakturę wraz z dokumentami. Obecnie biuro może pobrać fakturę automatycznie, ale nadal potrzebuje informacji, jak ją prawidłowo rozliczyć.

Co warto zrobić?

Przedsiębiorca powinien korzystać z ustalonego sposobu opisywania faktur, np. poprzez:

• panel klienta
• aplikację do obiegu dokumentów
• komentarz przypisany do dokumentu
• oznaczenie projektu lub kategorii kosztu
• cykliczne zestawienie wyjaśnień.

Samo stwierdzenie, że „faktura jest już w KSeF”, nie oznacza, że biuro posiada wszystkie informacje potrzebne do jej zaksięgowania.

Problem 5. Nieprzygotowani kontrahenci.

W badaniu Symfonii i Stowarzyszenia Księgowych w Polsce komplikacje wynikające ze współpracy z nieprzygotowanymi kontrahentami wskazało 39% respondentów. Trudności adaptacyjne po stronie pracowników wskazało natomiast 37% badanych.

Problemy mogą dotyczyć m.in.:

• przesyłania faktur tradycyjnym e-mailem pomimo obowiązku korzystania z KSeF
• wystawiania dwóch faktur do tej samej transakcji
• błędnego NIP nabywcy
• nieprawidłowej daty wystawienia
• pomylenia wizualizacji faktury z samą fakturą ustrukturyzowaną
• nieprawidłowego stosowania trybów offline
• braku numeru KSeF na dokumentach przekazywanych kontrahentom.

Ministerstwo Finansów wyraźnie ostrzega, aby faktury wystawionej poza KSeF nie wystawiać ponownie w systemie. Ponowne wystawienie dokumentu może doprowadzić do powstania dwóch odrębnych faktur dotyczących tej samej sprzedaży.

Problem 6. Nieznajomość zasad działania w przypadku awarii.

Przedsiębiorca powinien wiedzieć, że niedostępność systemu nie zawsze oznacza konieczność wstrzymania sprzedaży.

Przepisy i rozwiązania techniczne przewidują różne tryby postępowania, w tym:

• tryb offline24
• tryb offline w czasie ogłoszonej niedostępności
• tryb awaryjny
• postępowanie podczas awarii całkowitej.

W przypadku ogłoszonej niedostępności KSeF faktura może zostać wystawiona elektronicznie poza systemem, zgodnie z obowiązującą strukturą logiczną, a następnie przesłana do KSeF w odpowiednim terminie. Co do zasady dokument należy przesłać nie później niż następnego dnia roboczego po zakończeniu niedostępności. Jeżeli zostanie ogłoszona awaria, termin może wynosić siedem dni roboczych od jej zakończenia.

Przedsiębiorca powinien wcześniej ustalić:

• czy jego program umożliwia wystawienie faktury offline
• kto sprawdza komunikaty o niedostępności
• kto odpowiada za późniejsze przesłanie dokumentów do KSeF
• jak przekazać dokument nabywcy
• kiedy należy zastosować kod QR
• jak uniknąć ponownego wystawienia tej samej faktury.

Bieżące informacje o pracach serwisowych i utrudnieniach są publikowane w komunikatach technicznych KSeF.

Problem 7. Nadmierne zaufanie do automatyzacji.

Jedną z najważniejszych korzyści KSeF jest możliwość automatycznego pobierania danych. W badaniu 43% respondentów wskazało szybszy dostęp do danych, a 40% zauważyło przyspieszenie obiegu dokumentów.

Automatyzacja może ograniczyć:

• ręczne przepisywanie danych
• błędy w numerach faktur
• zagubienie dokumentów
• opóźnienia w przekazywaniu faktur
• konieczność wielokrotnego przesyłania tych samych dokumentów.

Nie oznacza jednak, że faktury mogą być księgowane całkowicie bez kontroli człowieka.

Program może poprawnie odczytać:

• NIP
• datę
• numer faktury
• kwotę netto
• kwotę VAT
• stawkę podatku.

Nie zawsze oceni natomiast prawidłowo:

• związek wydatku z działalnością
• możliwość odliczenia VAT
• charakter reprezentacyjny wydatku
• konieczność rozliczenia w czasie
• obowiązek ujęcia jako środka trwałego
• zastosowanie odpowiedniego limitu podatkowego
• zasadność transakcji.

Automatyzacja powinna wspierać pracę księgowego, a nie zastępować kontrolę merytoryczną i podatkową.

Jak przygotować firmę do sprawnego korzystania z KSeF?

Po pierwszych miesiącach działania systemu widać, że najlepiej radzą sobie niekoniecznie największe firmy, lecz te, które dokładnie ustaliły zasady obiegu dokumentów.

W praktyce warto wykonać następujące działania:

1. Zweryfikować wszystkie nadane uprawnienia.
2. Ustalić osoby odpowiedzialne za wystawianie i odbieranie faktur.
3. Wdrożyć proces akceptacji faktur kosztowych.
4. Określić sposób przekazywania dodatkowych opisów do biura rachunkowego.
5. Przygotować procedurę na wypadek niedostępności lub awarii KSeF.
6. Przeszkolić pracowników odpowiedzialnych za sprzedaż, zakupy i płatności.
7. Regularnie aktualizować program księgowy i fakturowy.
8. Ustalić z biurem rachunkowym dokładny zakres jego odpowiedzialności.
9. Okresowo sprawdzać, czy proces działa zgodnie z przyjętymi zasadami.
10. Nie traktować obecności dokumentu w KSeF jako automatycznego potwierdzenia jego prawidłowości.

KSeF nie zastępuje dobrej organizacji.

Krajowy System e-Faktur może realnie przyspieszyć obieg dokumentów i ograniczyć liczbę błędów technicznych. Nie zastępuje jednak prawidłowego procesu zatwierdzania kosztów, kontroli kontrahentów, zarządzania uprawnieniami oraz bieżącej współpracy z księgowością.

Największym błędem jest uznanie, że po uruchomieniu KSeF wszystkie faktury będą automatycznie kompletne, prawidłowe i gotowe do zaksięgowania.

System dostarcza dane. To jednak przedsiębiorca i obsługujące go biuro rachunkowe muszą ustalić, jak te dane zweryfikować, opisać i prawidłowo rozliczyć.

Potrzebujesz pomocy w uporządkowaniu księgowości i obsługi KSeF?

Biuro Rachunkowe Percenté Sp. z o.o. wspiera przedsiębiorców w bieżącej obsłudze księgowej, rozliczeniach VAT oraz organizacji współpracy pomiędzy firmą a biurem rachunkowym w warunkach obowiązkowego KSeF.

Pomagamy ustalić zasady przekazywania i opisywania dokumentów, uporządkować zakres odpowiedzialności oraz ograniczyć ryzyko błędów w rozliczeniach.

---

Biuro Rachunkowe Percenté Sp. z o.o.

Telefon: +48 727 208 308
E-mail: biuro@percente.pl

Obserwuj nas